十六世纪初，西班牙传教士大力研究各种土语。为很多语言搞了字母拼音，研究了主要语种的语言结构，汇编了重要的词汇，对每个字都加注了确切的解释和多种含义。此外，许多宗教著作译成了多种土语，有一些在那些年代里就印了出来。印刷术成了向上人传教的很有用的工具。

人们对墨西哥土著的风俗、礼仪和宗教活动也写出了详尽的研究材料。其中最重要的无疑是贝纳迪诺·德萨阿贡神父的作品。这位圣芳济教会的传教士用了十年时间，耐心收集了土著提供的材料，完整地介绍了墨西哥人生活和宗教的情况。后世的学者以此为据再现了土著的某些生活场面。要是没有他的介绍，这些场面就会永远无法再现。扰如军事征服，各地精神征服的情况也很不一样。总的说来，差别是山于教会存不同的时期打人客地而造成的。

圣芳济教会最先到达，他们在墨西哥中部和来乔阿坎州的一些地区立足，后来又向瓦斯特卡和帕努科方向扩展活动。稍后到达的是黑袍教会，他们在瓦哈卡州米斯特克和萨波特克地区以及在图图特佩克王国等地建造房屋和修道院。最后到达的是圣奥古斯丁教会，他们发现大片上地已为其他教会所占，于是在各地分散安置。他们在墨西哥中部占据了奥托米和马特拉尔特辛卡两地，向普埃布拉山区扩展活动，并到米乔阿坎州已被圣芳济教会占据的地区落脚。只要在地图上标出各个教会的修道院，便能显示这几个教会是如何在不同的时期打入墨西哥的以及它们是沿着什么线路开展活动的。圣芳济教会和黑袍教会向西部和南部开拓，它们的线路十分清晰，共中还交织着圣奥古斯丁教会的建筑，圣奥古斯丁教会来到这里起了最后完成传教的作用。

每个教会都在自己占据的地盘上留下了痕迹。圣芳济教会的建筑形同堡垒，风格朴实，外墙饰有十六世纪前期的花式。黑袍教会的建筑则气派豪华。这两个教会的建筑物都造在人口众多的地方。西班牙人到达以后，人口急剧下降，十七世纪初情况最为严重，许多原来人R集中的地区竟无人居住。那些大修道院后来竟成了远离人口聚居地区的孤零零的建筑，就象今天人们见到的模样。教会进行的工作各不相同，这不仅表现为修道院的建筑风格不同，而且还使各地形成各自固有的特点。在墨西哥中部以及在西部的尤里里亚，现在尚可看到十六世纪传教士兴造的大水坝、导水槽、复杂的灌溉系统等水利工程，其中有些至今仍在挥作用。神父们在传教中也介绍了如何种植蔬菜和果树。

精神征服在墨西哥土著生活的各个方面都留下了烙印。传教士和神职人员是新的社会生活的组织者，他们在各自的城镇里迅速成了核心人物，社会活动由他们领导，社会结构也由他们重新确定。十六世纪是征服墨西哥的时期，其间，西哥各地调整了社会制度。征服是从军事和精神两个方面进行的，经过这个时期，新西班牙后来遵循的方针大致得到了确定。